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李兴旺教授和李国亮教授课题组在植物三维基因组学研究技术取得新进展
来源:金沙第一娱乐娱城官网 发布时间:2020-11-18

11月14日,我校作物遗传改良国家重点实验室李兴旺教授和李国亮教授课题组在Trends in Plant Science在线发表了题为“Technologies for Capturing 3D Genome Architecture in Plants”的综述文章。

三维基因组学是基因组学研究的热点前沿领域之一。目前,以人类细胞系和动物细胞为研究对象,生物学家已经开发了很多高通量的三维基因组学研究技术。其中一些技术体系已经成功应用于植物三维基因组学研究。

植物三维基因组学研究技术

植物三维基因组学研究技术

李兴旺教授和李国亮教授课题组致力于三维基因组学和表观基因组学研究。前期,课题组与合作者以人类细胞系和动物细胞为研究材料,先后开发了Long-read ChIA-PET和Digestion-Ligation-Only Hi-C (DLO Hi-C)。2019年,课题组首次在玉米和水稻中建立Long-read ChIA-PET技术体系,并描绘了玉米和水稻的三维基因组图谱。2020年,李兴旺教授和李国亮教授课题组与杨芳教授课题组合作,用DLO Hi-C技术描绘了玉米雌雄穗的三维基因组图谱。

鉴于课题组在植物三维基因组学领域的取得的系列研究进展,Trends in Plant Science杂志邀请课题组撰写Technology of the Month的综述文章,介绍植物三维基因组学的研究技术。综述文章介绍了3C,Hi-C,in situ Hi-C,DLO Hi-C,ChIA-PET和HiChIP等应用于植物三维基因组学研究的技术,并阐述了如何应用这些技术解析的植物基因组的三维结构,特别关注了ChIA-PET和Hi-ChIP检测的染色质环(chromatin loop)结构。文章还提出目前植物三维基因组学研究技术的优势以及面临的挑战,对未来植物三维基因组学技术的开发以及三维基因组结构的解析具有启示意义。

我校生命科学技术学院博士研究生欧阳维枝和肖琴为综述文章共同第一作者,李兴旺教授和李国亮教授为综述文章共同通讯作者。相关工作得到国家重点研发计划、国家自然科学基金和作物遗传改良国家重点实验室开放课题的资助。

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